Zeus explica isso na cena final do filme:
But now the world knows a man can stop him [Hades].
Of course, you had some help.
A sword, the Pegasus...
I wanted men to worship us again, but I didn't want it to cost me a son.
Então, ele simplesmente não queria que seu filho Perseus morresse.
Acha que Zeus também se arrepende e se sente parcialmente culpado pela perda da adoração humana:
You may not want to be a god, Perseus but after feats like yours, men will worship you.
Be good to them.
Be better than we were.
Por último, mas não menos importante, Hades não o está servindo:
Zeus provavelmente percebeu, em algum momento, que o medo humano alimenta o poder de Hades, mas não o seu, e assim percebeu o plano de Hades de derrubá-lo.Zeus must think I serve him but I am growing stronger.
Until I possess my full power you will be my weapon.