Como tenho 99,9% de certeza de que isso não foi abordado no cânon (e talvez 95-98% de certeza de que não foi abordado nos romances não-canônicos), aqui está uma teoria:
Quando o futuro não é uma certeza, é tratado como uma grande quantidade de futuros possíveis, a probabilidade de cada um flutuar de momento a momento, à medida que as pessoas tomam medidas e tomam decisões. (ENT 3x23, Contagem regressiva ou 3x24, Zero Hour , quando os Sphere Builders estão examinando os possíveis futuros. Eu esqueci qual deles está dentro.)
Os agentes temporais da federação do futuro aparecem para vir somente de um futuro possível. É difícil fazer uma referência exata, já que está strongmente implícito em toda a empresa que os agentes temporais estão trabalhando para manter a história no caminho da Federação vista no TOS / TNG / DS9 / VOY - porque é parte de sua história.
Portanto, dentro desses futuros flutuantes, a diretriz primordial temporal deveria ter entrado em vigor em pelo menos um deles (já que existem infinitas possibilidades). Desde que o futuro passou a existir, eles teriam trabalhado para manter a história no caminho para que eles continuassem a existir.
Diante do exposto, parece que se a Voyager levasse essas décadas extras para voltar à Terra, algo aconteceria nos séculos que impedissem a entrada em vigor da Diretiva Prime Temporal *. Portanto, há uma possibilidade: não havia agentes temporais nessa linha do tempo para impedi-la de voltar e, na linha do tempo principal, o almirante Janeway fazia parte de sua história.
* Isso vai além da teoria e da especulação: Pense em como o plano do almirante Janeway afetou os borgs. Suspeito que eles montaram algum tipo de ataque à Federação na linha do tempo do Almirante depois de seu tempo, mas antes que os agentes temporais surgissem. Mas na linha do tempo principal, a Voyager conseguiu o Seven of Nine, o emissor móvel do Doctor, especificações para o drive quântico, e o que mais eles captaram, para a Federação décadas antes, provavelmente causando um salto em sua tecnologia, > e o Almirante causou muitos danos ao Coletivo. O ataque, se aconteceu, provavelmente foi frustrado.