O próximo painel da história em quadrinhos original mostra que ele manteve sua identidade oculta até imediatamente após a morte de seu pai. Não há mais nenhuma confirmação canônica por que este foi o caso, mas acho que é provável que se reduza a duas questões;
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Para proteger seu pai de ser atacado ou usado por seus inimigos
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Porque ele se considera um louco e não deseja expor seu pai (já doente) ao choque de vê-lo vivo novamente.
Movendo-se mais longe do cânone estabelecido, vemos que Jon claramente tem problemas não resolvidos com seu pai. Em um tratamento de roteiro anterior, ele insiste strongmente que ele culpa seu pai pelo acidente (por pressioná-lo a se tornar um físico).
E em Antes de Watchmen: Dr. Manhattan , ficamos sabendo que Jon está sujando com sua própria linha do tempo, deliberadamente criando situações que ajudam a prevenir a guerra nuclear. Embora não seja explicitamente declarado, podemos razoavelmente presumir que evitar o pai foi uma das decisões que ele tomou para evitar novas catástrofes.