Como eu disse em outro lugar neste site, acho que os testadores de voltagem sem contato não são confiáveis. Eu vi tanto falsos positivos quanto falsos negativos, especialmente na presença de múltiplos condutores, alguns dos quais são quentes. A única coisa que eu usaria um testador de voltagem sem contato é para confirmar uma condição que eu já conheço e, mesmo assim, eu só a utilizaria para testar se um circuito inteiro está ativo ou não, e não condutores individuais.
Se você está recebendo leituras confusas, a primeira coisa que eu faria é usar um multímetro apropriado para obter tensões confiáveis, então você pode ir a partir daí.
Mas para responder à sua pergunta: não, o GFCI não deveria estar revertendo a polaridade do circuito. Tem certeza de que está conectando corretamente o GFCI? A maioria das tomadas (GFCI) tem diferentes terminais "LINE" e "LOAD", que você está usando?