Eu também estava me fazendo essa pergunta e tive que voltar e assistir o filme novamente. Aqui está como eu vejo o filme saindo sem a presença de Indiana Jones.
Independentemente de saber se Indiana levou os nazistas para Marion, eles teriam encontrado ela de qualquer maneira. Eles já sabiam que Abner Ravenwood tinha o amuleto, como os oficiais da Inteligência do Exército dos EUA disseram a Indiana no início do filme. Marion é filha de Abner, então é lógico que eles teriam ido vê-la eventualmente.
Durante a cena no bar de Marion, o interrogador da Gestapo, Major Toht, teria torturado e provavelmente matado Marion, e teria obtido o amuleto. Como a briga entre Indiana e os bandidos não teria acontecido, o bar dela não teria pegado fogo. Isso combinado com os nazistas já tendo o amuleto, Major Toht não teria se queimado pelo amuleto (que é como os nazistas só tinham um lado do amuleto), e assim teria olhado no lugar certo. Os nazistas teriam aberto a Arca como fizeram e todos teriam morrido, assim como Amy diz. Finalmente, a Arca teria sido deixada no local onde a abriram para que alguém a descobrisse, então quem sabe o que teria acontecido depois disso. Você poderia dizer que Hitler teria enviado mais nazistas para investigar, ou talvez os EUA teriam encontrado e sofrido o mesmo destino.
A principal coisa aqui é que, se você em algum momento remover Indiana da história, os nazistas teriam matado e / ou torturado Marion. Então, para isso, Indiana Jones ainda é um herói!
Quanto a como Indiana Jones tirou a Arca da ilha, a resposta não é realmente revelada no filme, mas a conclusão mais lógica que eu tenho é que ele roubou o submarino que os nazistas usavam para viajar para a ilha.
Nota: Não me lembro onde o vi (pode ter sido em TBBT), mas houve um comentário que, sem Indiana Jones, a Arca teria sido aberta na frente de Hitler. Isso não é verdade, porque quando eles chegam à ilha, Belloq fala sobre se certificar de que era "a verdadeira Arca" antes de entregá-la a Hitler (por medo do que Hitler faria com eles se não fosse). . Então, ele teria aberto antes de chegar a Hitler.