Eu acho que é seguro assumir que o Team Thor é não-canônico.
Até onde sabemos, ninguém sabe onde estão Bruce Banner e Thor na época de Captain America: Civil War . Eles saíram do AWOL - O secretário de Estado Ross especificamente menciona isso em Capitão América: Guerra Civil enquanto conversava com os Vingadores;
"Tell me, Captain, do you know where Thor and Banner are right now? 'Cause you can bet if I misplaced a couple of 30 megaton warheads, there'd be consequences."
Secretário de Estado Thaddeus Ross , Capitão América: Guerra Civil
Isso obviamente vai contra o que vemos no curta do Team Thor , com Bruce Banner em contato com Tony Stark e Thor, tendo o email de Darryl Steve Rogers para ele.
Em última análise, não teremos certeza sobre a canonicidade do Team Thor até que Thor: Ragnarok seja lançado, mas eu me sinto bastante confiante em dizer que o terceiro Thor filme vai "desmentir" este curto.