Primeiro, o caso específico do Alter Self. O recurso Armas Naturais do Alter Self modifica explicitamente o seu Ataque Desarmado. Então, se o seu ataque desarmado não é uma arma de finesse, isso não muda. Isso é bem coberto em esta resposta.
No entanto, o caso geral de "armas naturais tem a propriedade Finesse?" é muito menos claro. Pegue o Corvo (Apêndice A do Livro dos Monstros). O Raven tem um Str de 2 (modificador -4 ), um Dex de 14 (modificador +2 ) e, da tabela 'Proficiency Bonus By Challenge Rating' (página 8 do Livro dos Monstros), o bônus de proficiência é +2 . Seu bônus de ataque com sua arma natural (bico) é +4 . Então parece claro que está usando
Dex bonus 2 + proficiency bonus 2 = +4 to attack.
Existem numerosos exemplos na mesma linha, mas eu escolhi o corvo porque a diferença entre o Str e o Dex deixa bem claro que ele está usando o Dex.
Por outro lado, temos o Mastiff. (Também o Apêndice A do Livro dos Monstros). Tem um Str de 13 (modificador +1 ), um Dex de 14 (modificador +2 ) e o mesmo bônus de proficiência +2 . Seu bônus de ataque é +3 . Então, parece estar usando
Str bonus 1 + proficiency bonus 2 = +3 to attack.
O Mastiff não é um bom exemplo, mas todas as criaturas que eu encontrei com Dex muito maior que Str usam Dex para atacar.
Com base nesses exemplos (e em um lote de outros), parece claro que alguns criaturas podem usar o Dex para atacar com suas armas naturais, mas outras não. Alternativamente, é possível que os bônus de ataque da criatura sejam arbitrários ou não calculados da mesma forma que os bônus de ataque humanóide, mas se este for o caso, não há como responder a essa questão fora do caso específico de Alter Self.