Não, a Temporada 10 não será canônica.
Eu tenho conhecimento há algum tempo de uma entrevista do XFN ( X-Files News ) com Chris Carter em março de 2015, na qual ele comentou Temporada 10 no que diz respeito à minissérie. Wikipedia citou esta entrevista de forma vaga, dizendo
Carter also revealed that the miniseries' plot has no connection to the Season 10 comic book series...
Esta formulação é ambígua. Isso pode significar que a Temporada 10 não é mais canônica, ou pode significar que Temporada 10 ainda é canônica, mas a minissérie não se sobreporá a nenhuma de suas linhas.
Até recentemente, todos os links que encontrei para o artigo XFN original (incluindo o da Wikipedia) foram quebrados, e pesquisar no Google e no site XFN diretamente não produzir a entrevista.
No entanto, uma postagem do Reddit que encontrei hoje continha um link de trabalho:
A redação no artigo atual é menos ambígua:
Carter also clarifies that while he thinks that IDW's The X-Files: Season 10 plot lines are very interesting, they won't be used in the revival of the TV show.
Eu interpreto isso como dizendo que Carter está se distanciando dessas linhas de enredo e revogando o status de canon que ele previamente concedeu à série de quadrinhos.