Não deve haver problemas. Essas pequenas alterações de planos são completamente permitidas, pelo menos enquanto a razão principal para a viagem ainda seja a mesma que você solicitou originalmente.
Na prática, não haverá maneira de os guardas de fronteira em Budapeste saberem que seus planos mudaram desde o pedido de visto. Se você tivesse planejado entrar via Hungria desde o começo, ainda teria arquivado sua solicitação no consulado austríaco (já que a Áustria é seu principal destino), e você teria obtido um visto que é indistinguível daquele que você realmente tem.
Na fronteira em Budapeste, pode-se esperar que você mostre ter planos confiáveis para continuar em direção à Áustria - mas se puder explicar sem hesitação qual trem vai tomar (e se tem um ingresso para isso ou se tem pesquisado onde comprar um e quanto vai custar), onde você vai ficar na Áustria, etc, que deve ser suficiente.