De acordo com a Wikipedia:
A month prior to the premiere of Star Trek, Desilu held a screening for NBC executives to help decide which episode to broadcast first, and several stories were considered.[39] Executives were concerned that "Mudd's Women", one potential choice, would have reviewers discussing "space hookers"; they felt another possibility, "Where No Man Has Gone Before", contained too much exposition—even though it was filmed as a second pilot. The final choice was between "The Man Trap" and "The Naked Time".[39] Justman felt that "The Naked Time" would make it easier for viewers to understand the characters, but later agreed with NBC's decision to show "The Man Trap" first. In the book Inside Star Trek: The Real Story, he suggests that it was "scarier and more exploitable than the others".[39]
"The Man Trap" was the sixth episode produced. Although Rodenberry initially disagreed with NBC's decision, he and producer Herbert Franklin Solow came to believe it was the correct choice.[39][40] Shatner also disagreed with the network, feeling that "The Man Trap" was the worst episode out of those available.[40] The episode was the first episode of Star Trek broadcast in the United States, on NBC on September 8, 1966.
[39] = Shatner, William; Kreski, Chris (1993). Memórias de Star Trek. Nova Iorque: HarperCollinsPublishers. ISBN 978-0-06-017734-8.
[40] = Solow, Herbert F .; Justman, Robert H. (1996). Inside Star Trek: A História Real. Nova Iorque: Pocket Books. ISBN 978-0-671-89628-7.
Como o outro está fora de ordem, isso não é incomum, e é muitas vezes o resultado de executivos mudando as coisas em um esforço para aumentar as classificações de um programa. Isso se tornou um Trope de TV . Isso aconteceu para vários shows (notavelmente, Firefly), e pode acontecer em qualquer gênero.
Isso às vezes é deliberado - a ordem em que os episódios são filmados pode ser diferente da transmissão, geralmente por orçamento ou outros motivos. Um bom exemplo disso é Star Trek: The Next Generation. O episódio "Skin of Evil", no qual Tasha Yar é morto, foi filmado antes do episódio anterior, Symbiosis. Como tal, no final da Simbiose, você pode ver Denise Crosby se despedir da câmera.
Sugiro ler o link da TV Tropes para obter uma lista completa das razões, pois elas são muito variadas.