JK Rowling já contradisse diretamente os filmes?

Sim, pelo menos duas vezes.

Ambos vêm de Philosopher’s Stone , que foi lançado um ano depois da versão em livro de Goblet of Fire :

• No filme, depois de escapar de Fluffy pela primeira vez, Ron e Harry acompanham Hermione pelas escadas até seu dormitório (1h3m).

  Quando eles tentam fazer o mesmo truque no livro Ordem da Fênix , eles descobrem que as escadas estão encantadas para tornar isso impossível:

  “Let’s go and tell her,” said Ron. He bounded forward, pulled open the door, and set off up the spiral staircase.

  He was on the sixth stair when it happened. There was a loud, wail- ing, klaxonlike sound and the steps melted together to make a long, smooth stone slide. There was a brief moment when Ron tried to keep running, arms working madly like windmills, then he toppled over backward and shot down the newly created slide, coming to rest on his back at Harry’s feet.

• No livro, Harry perde a consciência antes que Quirrell morra.

  Harry jumped to his feet, caught Quirrell by the arm and hung on as tight as he could. Quirrell screamed and tried to throw Harry off – the pain in Harry’s head was building – he couldn’t see – he could only hear Quirrell’s terrible shrieks and Voldemort’s yells of ‘KILL HIM! KILL HIM!’ and other voices, maybe in Harry’s own head, crying, ‘Harry! Harry!’

  He felt Quirrell’s arm wrenched from his grasp, knew all was lost, and fell into blackness, down… down… down…

  Ele está consciente da morte de Quirrell nos filmes, o que deve ser o gatilho para ele ver Thestrals nos anos subsequentes. Mas ele não começa a vê-los até Ordem da Fênix , para coincidir com a linha do tempo nos livros - porque os Thestrals ainda não foram apresentados.

Eu não tenho certeza se isso é bem simples e seco como você espera, mas a primeira coisa que vem à mente é a cor da pele de Lavender Brown .

(In) famosa, até agora, Lavender Brown foi um personagem menor nos primeiros filmes, sem linhas. Ela foi retratada por duas atrizes negras: Kathleen Cauley (não verificada) em Câmara Secreta e Jennifer Smith em Prisioneiro de Azkaban .

Quando os primeiros filmes foram feitos, é claro, O Enigma do Príncipe ainda não havia saído e os lançadores não sabiam que Lavender se tornaria um personagem importante mais tarde. Os livros nunca dão uma descrição apropriada de Lavender, mas Half-Blood Prince tem a seguinte citação:

Harry looked into the corner she was indicating. There, in full view of the whole room, stood Ron wrapped so closely around Lavender Brown it was hard to tell whose hands were whose.

Embora isso possa ser apenas hipérbole, pelo menos implica que o Lavender seja branco. Se ela fosse negra (pelo menos se ela fosse tão morena quanto Kathleen Cauley e Jennifer Smith são), não haveria absolutamente nenhum problema em dizer a ela e às mãos de Ron separadas, independentemente de quão próximas estivessem umas às outras.

Isto não é bastante para o que você está procurando. Mas a última parte de sua pergunta ("Os filmes disseram algo que não contradizia o cânon na época, mas Rowling escreveu algo para contradizê-lo") me faz pensar no problema dos Testados.

Na época em que o filme Harry Potter e a Pedra Filosofal saiu, Ordem da Fênix ainda não havia sido escrito. Um pequeno ponto deste enredo é que há criaturas voando ao redor de Hogwarts que somente aqueles que viram a morte podem ver. Harry os vê pela primeira vez depois de ver Cedric Diggory morrer no final do livro anterior.

Mas nos filmes, Harry vê (causa, realmente) a morte do professor Quirrell, para a qual ele está inconsciente nos livros. Isso leva a um furo no filme , onde Harry de repente vê Thestrals que ele supostamente estava vendo nos últimos quatro anos.

Mais uma vez, não bastante o que você está procurando, mas um caso interessante de os cineastas se escreverem em um canto porque não sabiam o que aconteceria em livros futuros.