Você não terá problemas.
Oficialmente, sua entrada de 90 dias no WVP nos EUA não será redefinida pela rápida visita ao Canadá, embora, de forma realista, não tenha certeza de como isso é aplicado hoje em dia. (Costumava ser que você manteria o formulário I-94W que você recebeu quando entrou nos EUA e o reutilizou para entrar novamente no Canadá, mas como o I-94W não existe mais, isso pode não acontecer).
Independentemente de o tratarem como duas entradas ou uma, não é um problema.
Você também precisará confirmar que não precisa de um visto para entrar no Canadá. Presumindo que você é um australiano, você não deve precisar de um (presumindo que não haja registro criminal / etc, mas se você puder entrar nos EUA sob o WVP, você também não deverá ter problemas para entrar no Canadá).