Sim, eles "empilham". Como você observou, eles nem são realmente bônus para a mesma coisa, então eles nem "vêem" um ao outro, não tem como eles interagirem.
Mas, mais importante, estes são dois bônus não tipificados de fontes separadas. Mesmo se ambos fossem adicionados diretamente ao AC, eles ainda seriam empilhados. "Inteligência" não é um tipo de bônus - que apenas informa o valor do bônus (igual ao seu bônus de Inteligência). A reutilização de palavras aqui pode ser confusa, mas em última análise, as regras são inequívocas sobre isso.
Você também pode estar pensando em uma regra adicionada ao Pathfinder, que diz que você não pode adicionar o mesmo modificador de habilidade a uma determinada coisa mais de uma vez. Lá, o fato de que essas habilidades tecnicamente acrescentam coisas diferentes seria importante.
Finalmente, note que ambas as classes são muito, muito fracas. A lâmina invisível tinha algumas coisas decentes, mas tem pré-requisitos absurdamente caros - muitos dos quais são inúteis para a classe devido à má edição (era originalmente uma classe de 10 níveis com mais recursos de lançamento, e os requisitos nunca foram ajustados depois de perder esses níveis e recursos). O duelista é apenas ... abismal, uma das classes mais fracas do jogo. Por favor tenha muito cuidado ao considerar qualquer classe.