Não, não é seguro se você está comparando com os padrões ocidentais. Eu vivo em Jacarta metade do ano há muitos anos e nunca tentei ojek porque eu não acho que é seguro, mas isso é devido a problemas pessoais com motocicletas.
De qualquer forma, dentro das cidades as motocicletas não terão a chance de ir muito rápido, e nos meus anos aqui eu nunca vi um sério acidente de carro dentro das cidades para ser honesto. Então você pode usar ojek desde que esteja dentro das cidades e áreas condensadas, pois é o método de transporte mais rápido.