Então, pelo meu palpite, Ender tinha pelo menos 9 anos e 7 meses, se todo o tempo foi justamente explicado.
Em segundo lugar, Graff estava corrigindo provavelmente corrigindo suas estimativas de tempo para Ender. Assim como a regra da meia-idade, estimativas de tempo dadas em anos geralmente não significam a quantidade exata de tempo. Então, o comentário de Graff de que Ender estaria com dezesseis (o que é um número indeterminado de meses antes de dezesseis), significa que a estimativa de 5 anos está provavelmente um pouco mais distante do que exatamente 5 anos, por muitos meses para que Ender seja "indo em dezesseis".
Em geral, contas específicas de tempo não são dadas na história. Vemos alguns meses passar aqui e ali, especificamente mencionados, mas não há datas concretas para a maioria das atividades. É melhor não vê-las como inconsistências, mas como imprecisão geral, pois os detalhes não são pertinentes à narrativa.