Não deve haver nenhum problema com isso do ponto de vista da segurança alimentar. O congelamento irá "pausar o relógio" em detrimento, porque o metabolismo das bactérias precisa de água líquida para acontecer. Quando você descongela, a comida é tão segura (ou insegura) quanto quando você a congela.
Você deve garantir que seu processo de descongelamento também seja seguro. Se você tiver tempo, descongele durante a noite na geladeira. Se você não fizer isso, faça isso rapidamente. Para um produto líquido como o leite, o aquecimento do fogão provavelmente será o melhor. Não basta deixar no balcão para descongelar.
Não sei se haverá alguns problemas de textura (como aglomeração) se você cozinhar ou pasteurizar leite congelado anteriormente. Experimente e veja se está tudo bem. Se sim, você pode continuar fazendo isso.