Isso aconteceu várias vezes. No topo da minha cabeça, pensei nos seguintes exemplos:
Borg
Sua própria nomeação. O primeiro contato teria sido o encontro deles com a Enterprise em Q Who , embora você também possa contar o Borg encontrado na Terra em 2153 .
Os Fundadores e o Domínio
É claro que Odo e outros metamorfos viveram dentro da Federação por anos antes dos eventos do DS9, mas não foi até 2371 ( DS9: The Search ) que o primeiro contato oficial ocorreu quando Odo descobriu seu planeta natal. Depois disso, os fundadores fizeram aparições frequentes. Episódios posteriores de DS9 também descreveram o "primeiro contato" real com Odo de Bajorans. O primeiro contato oficial com The Dominion seria em 2370 quando os Ferengi viajassem para o quadrante gama para negociar com eles, ou quando o Jem'Hadar viajou pelo buraco de minhoca e começou a atacar as colônias da Federação pouco depois.
Espécie 8472
A Voyager descobriu essa espécie de espaço fluídico em 2373 durante os eventos de Scorpion quando eles tentaram invadir o espaço normal. Dois anos depois, eles encontraram a Voyager novamente e acabaram com hostilidades.
O viajante
Não sabemos que espécie ele é , mas a Frota Estelar fez contato com ele por pelo menos 2360, e ele foi mostrado pela primeira vez em "Onde ninguém foi antes" . Ele passou a conhecer a tripulação da Enterprise mais duas vezes depois disso.
Q
O primeiro contato com Q, ou The Q , entrou em contato com a Federação no primeiro Episódio de TNG - "Encontro no Farpoint." É possível que Trelane, encontrado em 2267 era da mesma espécie. Q apareceu inúmeras vezes novamente em TNG, DS9 e Voyager.
Ferengi
A Federação sabia dos Ferengi, mas fez o primeiro contato oficial com eles no episódio da TNG. ". (gorjeta de chapéu a J Doe para o lembrete) Eles "não oficialmente" fizeram primeiro contato com Humanos em 1947 , mas esses registros foram perdidos.A entidade cristalina
Criatura espacial de inteligência desconhecida descoberta pela primeira vez no episódio "Datalore" , onde se comunicou com Lore. Ele apareceu novamente em "Silicon Avatar" .
Vulcanos
Provavelmente não o que você tinha em mente, mas o primeiro contato com os vulcanos foi mostrado em Primeiro contato , e eles apareceram continuamente ao longo da série. (tanto em ordem cronológica quanto em produções subseqüentes)
Klingons
Mais uma vez, essa já era uma espécie estabelecida, mas o primeiro contato foi mostrado no primeiro episódio da Enterprise, Broken Bow .
Tenho certeza de que há mais alguns exemplos. Foi apontado nos comentários que a Voyager encontrou algumas espécies no quadrante Delta que reapareceram em múltiplos episódios. Considerando que a Voyager seria o emissário não oficial da Frota Estelar no quadrante Delta, isso também contaria como "primeiro contato".