Não, neste caso, você não terá problemas:
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Como afirma Willeke, você elimina a imigração em Schengen no seu primeiro ponto de entrada, que é o MUC. Isso acontece não importa se você continua em Paris ou não, e não importa se é o mesmo bilhete ou não. As autoridades alemãs apenas o esclarecerão depois de fazer perguntas padrão.
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Como seu primeiro ponto de entrada é na Alemanha, é improvável que eles façam perguntas, pois não sabem quanto tempo você gastaria em cada país - e se esse país for a Alemanha, você tem o visto adequado para isso.
Assim, problemas de imigração são improváveis, mas é claro que outros possíveis problemas de bilhetagem ocultos permanecem.