A regra é aplicar ao país que será seu destino principal e, se não houver destino principal, inscreva-se no país em que você entrará primeiro. O problema aqui é que a maneira que você descreve seu plano, não há destino principal óbvio (você ficaria ao mesmo tempo em Espanha e Portugal), mas a Alemanha é claramente um destino secundário.
Como a regra se aplica a esta situação parece bastante clara para mim: você deve se inscrever na Alemanha. Mas infelizmente ouvi falar de consulados que dificultam esses casos. (Efetivamente, eles parecem considerar que, se você ficar por mais tempo em vários países, deve se inscrever em um deles, mas essa "regra" não está em nenhum lugar no regulamento; veja também a discussão em esta resposta a outra pergunta ).
Alternativamente, você pode mudar um pouco o seu plano para ficar mais tempo na Espanha ou em Portugal (dependendo do que você quer ver ou talvez no consulado mais conveniente) e tornar um deles o principal destino.
De qualquer forma, tente aplicar o mais rápido possível e não se preocupe muito. Se o consulado recusar-se a processar a sua candidatura por esse motivo, não contará como recusa e deverá devolver a taxa do visto (não a taxa de “processamento” ou “serviço” das empresas de outsourcing, no entanto) e todos os documentos rapidamente , o que permitiria que você reaplicasse facilmente a outro consulado (mantenha cópias em qualquer caso, é sempre útil).