É possível mudar o motor, mas isso pode não alterar nada. De fato, alterar cegamente o motor pode realmente causar um pior desempenho do sistema.
Sem saber muito mais sobre o sistema, é impossível diagnosticar o problema real. Pode muito bem ser um projeto de duto ruim, um sistema subdimensionado ou uma série de outros problemas. A melhor aposta é fazer com que o sistema seja avaliado por uma empresa HVAC respeitável local.