Além do "desaparecimento", ambas as situações tinham pouco em comum
Quando Obi-Wan desapareceu, ele acabara de ser atingido por um sabre de luz de Vader, e deixado para trás em seu lugar estavam suas vestes e seu próprio sabre de luz. Seu corpo literalmente desapareceu de dentro.
Compare isso com Ahsoka, que, do ponto de vista de Vader, tinha metade de um braço literalmente chegando do nada para agarrá-la, puxando-a de volta para o nada, junto com todas as suas posses.
Vader sabia que seu ataque no primeiro cenário, e da mesma forma sabia que não aconteceu no segundo. Ele sabia que alguém interveio no segundo, mas não tinha nada para indicar da mesma forma no primeiro. Estranho, com certeza, e um pouco familiar, mas muito diferente para chegar à conclusão de que ele deve ter sido resgatado.
Mas como eles poderiam ter certeza?
Quero dizer, claro, talvez alguém tenha alcançado o chão e agarrado a perna de Obi-Wan e o tirado de suas vestes sem Vader ver. Mas o que então? O Vader e o Imperador não têm como ter certeza?
Pelo menos no que eles sabem ser possível da situação de Ahsoka, eles realmente têm um jeito de checar. O Imperador poderia apenas fazer o que ele fez da última vez e chamar o mundo entre os mundos e ver se algum Jedi está escondido.
Isso leva a duas possibilidades. Ou 1) com a destruição do templo, o acesso a este espaço está agora fechado e o Imperador não poderá vê-lo, o que confirma que não foi envolvido. Ou 2) Ele acessa e vê se alguém dentro, e sabe novamente se foi ou não usado. Mesmo assim, dada a destruição do templo, ele teria poucas razões para suspeitar que era mesmo acessível ou utilizável de qualquer maneira.
Mas e se ...
Como você mencionou, talvez tenha sido algum meio diferente e atualmente desconhecido de fazer alguém desaparecer. Como eles poderiam ter certeza?
Depois de esgotarmos os meios acima e conhecidos de retirar esse truque, não há realmente nenhum ponto para Vader e o Imperador desperdiçarem seu tempo. Talvez ele esteja vivo? Mas provavelmente não. Se mais tarde descobrir que ele é, eles apenas revisarão sua compreensão dos eventos e tentarão aprender por que e como ele sobreviveu. Mas até então a navalha de Occam vence e a situação mais provável é provavelmente a que ocorreu, e ele está simplesmente morto.
Tudo isso ainda pressupõe que o Imperador não estava ciente dos fantasmas da Força (o que parece improvável, dada a pesquisa dele e de seu mestre em superar a morte). Se Palpatine soubesse, então ele já sabe o que aconteceu com Obi-Wan com muita certeza.