O governo dos EUA não especifica publicamente como decide a elegibilidade de uma pessoa para um visto, portanto não pode haver uma resposta "oficial" para sua consulta.
Em geral, sua embaixada local saberá apenas que você se inscreveu para a Loteria do Green Card, se você for selecionado como esses nomes são enviados para a embaixada, nomes não selecionados que não são. Mas eles perguntam se você já aplicou anteriormente. E então cabe a você decidir como será honesto.
O que um advogado de imigração me disse (um vizinho) é que, se suas qualificações são sólidas para o visto, ter feito o pedido para a loteria tem pouco efeito. Mas se você está no limite, então se torna um fator maior.