Acho que parte disso depende de onde você mora e se isso é principalmente um problema de resfriamento ou aquecimento. Eu suponho que estamos falando das aberturas de alta velocidade, que são fáceis o suficiente para se movimentar. (Uma verificação do seu perfil diz San Jose, então também presumo que isso seja um problema de resfriamento.)
As aberturas montadas na parede usadas para resfriamento empurrarão o ar frio através do teto, misturando-se com o ar mais quente lá em cima. O ar frio irá gradualmente se estabilizar, porque o ar frio é mais denso que o ar quente. O que você não vai sentir é o ar em movimento.
Ventiladores montados no teto, porque eles empurram o ar PARA BAIXO, não horizontalmente, indiscutivelmente criarão mais rascunhos no volume que você realmente habita. Isso é algo que minha esposa não gostaria. Então, se você colocá-los no teto, coloque-os onde você não sentirá os rascunhos.