Acabei de assistir todas as sete temporadas das guerras clônicas. Então talvez eu possa lançar alguma luz. (aviso: alguns spoilers bastante pesados para a 7ª temporada)
Os sith estavam em aliança com os Kaminoans desde o início. O único jedi envolvido (até que Obi-wan se encontrou com eles) foi Sifo-Dyas. Sifo-Dyas ordenou a produção do exército de clones sem a permissão do conselho Jedi, pois Ele havia previsto um grande conflito e fez planos para que a república fosse preparada.
No material Legends , o exército de Sifo-Dyas foi fundado por Hego Damask, também conhecido como Darth Plagueis, o sith master de Palpatine.
Algum tempo depois de Sifo-Dyas se encontrar com os Kaminoanos, Dookan interceptou.
By killing Sifo-Dyas, with him out of the way...
Dooku então contratou Mandalorian Jedi Hunter, Jango Fett, para ser o modelo dos clones. Mais tarde, ele deu os planos para que todos os clones recebessem um chip inibidor para fazê-los executar a ordem 66 e matar os jedi.
É seguro assumir que nos 10 anos que levou para cultivar o exército, os sith foram os únicos a negligenciar a produção dos clones.Os sith também não eram uma força que você queria desobedecer, especialmente quando eles estavam financiando a coisa toda. Além disso, os Kaminoanos não se importavam com quem eles estavam trabalhando; eles eram mais neutros, não especificamente do lado dos jedi (que eles viam como simples clientes). Há evidências suficientes de que os kaminoanos se importavam mais com dinheiro do que com a vida de qualquer um.
É também notar que nesses episódios específicos, apenas alguns Kaminoanos sabiam sobre o envolvimento dos siths. Os poucos que fizeram foram os superiores: Nala Se (o primeiro ministro) e Nala Su (um técnico de medicina). Não teria sido difícil para Dookan suborná-lo ou ameaçá-lo.