Eu não sei especificamente para o país em que você está, mas em muitos países, isso ocorre porque o banheiro é esvaziado diretamente nos trilhos, mesmo em países com trens relativamente modernos. Mesmo no Reino Unido, alguns trens ainda fazem isso (descobri quando pesquisei nos fóruns da Railway UK)
Outra razão é porque os banheiros dos trens exigem bombas e, na estação, pode não haver energia sobressalente suficiente para permitir que o banheiro funcione corretamente. Isso pode ser pressão de vácuo ou bomba elétrica, dependendo do tipo de trem e banheiro.