O processo de check-in também é usado para verificar documentos. Por exemplo. se não for cidadão de um país da UE e voar na UE com a Ryanair, tem de apresentar o seu passaporte e visto durante o check-in no aeroporto.
Em relação às taxas, a AFAIK Ryanair não cobra uma taxa pelo check-in online regular. Eu também não encontrei ocorrências sobre essa taxa em seu site. Poderia ser possível que essa taxa fosse cobrada por um check-in antecipado on-line (ou seja, mais de 30 dias antes do vôo).
Mas eles afirmam claramente que o check-in no aeroporto custa 55 euros, exceto se você reservar uma tarifa BusinessPlus. A razão para esta taxa é clara, o pessoal no aeroporto custa dinheiro, e eles querem ter o mínimo de pessoal possível, então eles querem que você faça o check-in online.