A maior questão que confronta Best Brains (que, durante a maior parte do período relevante significou basicamente o produtor Jim Mallon), os esforços para obter a biblioteca completa dos episódios do MST3K lançados são os direitos dos filmes. Para os episódios mais antigos, os criadores do programa às vezes só obtinham o direito de usar os filmes para a exibição original; mais tarde, com mais experiência, normalmente obtinham o direito de usar os filmes que estavam preparando para uma primeira exibição e, eventualmente, em distribuição. No entanto, os direitos que eles obtiveram normalmente não incluem os direitos de lançar os filmes em VHS ou DVD. Assim, para ter um lançamento em DVD de um filme, Best Brains teve que voltar para quem possuía os direitos autorais dos filmes originais (e às vezes os filmes mudaram de mãos desde que os episódios do MST3K haviam sido feitos) e negociar um contrato que permitisse Best Brains para lançar os filmes, com riffing, em DVD.
Isso significava que havia uma interação complicada de fatores para decidir quais episódios seriam lançados. Obviamente, deveria ser possível obter os direitos. E algumas vezes esses direitos estavam sujeitos a gravames secundários; alguns detentores de direitos autorais queriam que o lançamento de um DVD incluísse a versão original de um filme, assim como a versão com riff do MST3K. (Esse tipo de coisa realmente aconteceu durante a execução original do show também. Os criadores do The Quest ofthe Delta Knights insistiram que o filme fosse mostrado como um recurso regular no Sci-Fi Channel antes a versão do MST3K foi lançada. Houve também a questão de que o Best Brains normalmente queria lançar os episódios mais engraçados possíveis. O riff em muitos dos episódios da temporada anterior não é tão bom quanto no final do show. Houve também desentendimentos entre Best Brains e os membros do elenco que tinham saído para trabalhar em outros projetos (especificamente Mike Nelson, Kevin Murphy e Bill Corbett, que trabalhou primeiro em Film Crew , então RiffTrax ) sobre qual grupo de riffers obteria os direitos de filmes específicos.