Como @Napoleon disse em seu comentário, esta outra resposta explica por que Skyler teve acusações pressionadas contra ela.
Quanto a saber se a família expulsou Walter? Eu diria que definitivamente. Hank desaparece, mas sabemos que ele disse a Maria para onde estava indo e, por isso, quando Walt volta para casa e leva Holly, Maria, Skyler e Walt Jr. não têm dúvidas sobre o que aconteceu com Hank. >
Embora Maria tenha ficado enojada com Walt por um tempo, esta é, sem dúvida, a gota d'água para a família de Walt. Lembre-se Skyler usa uma faca para afastá-lo e é visivelmente aterrorizada com este homem que ela conhecia. Seu ódio por Walt é reforçado quando Walt tenta ligar para Walt Jr. na escola algum tempo depois para lhe dar dinheiro. Walt Jr. não tem interesse e fica irritado porque Walt acha que ele se importaria com isso.
Outra pessoa importante que você não mencionou em sua pergunta é Jesse. Ele trabalhou com a DEA para tentar derrubar Walt - e essa operação não envolveu Hank e Gomez.
Eu diria que neste ponto, com ambos os depoimentos de Maria, Walt Jr e Skyler, juntamente com a ajuda anterior de Jesse, eles tinham mais do que evidências suficientes para sugerir Walt era o traficante.
Quando vemos Skyler no episódio final, ela é uma casca de quem ela era e obviamente perdeu quase tudo. Isso sugere strongmente que uma vez que a DEA fez uma pequena escavação, foi fácil descobrir quanto dinheiro havia sido lavado na lavagem do carro - e, obviamente, isso apoiaria strongmente o caso deles. Lembre-se também que no início da série, Skyler deu uma grande recompensa para Ted, pois não queria que ninguém vasculhasse as finanças de sua família ou a lavagem de carros, já que eles estavam processando tanto dinheiro que não havia maneira óbvia de escondê-lo ( e assim as pessoas não poderiam olhar muito de perto ou o jogo estaria ativo).
Na verdade, é provável que a única razão pela qual Skyler não foi mais strongmente implicado foi o telefonema agressivo (e falso) de Walt para ela, onde ele a ameaçou se ela conversasse com a polícia, que foi um último "ato de gentileza". Walt quando ele percebeu o quanto ela estaria com problemas.Então, em conclusão: eles certamente o teriam delatado, e a DEA também tinha a evidência de Jesse e qualquer prova que eles achassem de lavagem de dinheiro no lava-rápido.