Nós conhecemos o destino de Jonathan Crane mais tarde na 4ª temporada. Em S04E01, também conhecido como "Pax Penguina", vemos Jonathan Crane ainda em Arkham com medo de espantalhos; a gangue local até usou seu medo de espantalhos para controlá-lo para cumprir suas ordens. No final:
The gang decides to attack the club's inauguration and have Jonathan make more toxin and then lock him in a closet with a scarecrow. He then begins to have a severe hallucination with the scarecrow, who seemingly comes to life.
[...]
Grady returns to Crane's house to get more toxin from Jonathan. However, he discovers Jonathan has adopted a new persona, naming himself "The Scarecrow" and sprays Grady with fear gas.
Wikipedia, Pax Penguina
Ele também apareceu em S04E02 .