O Ministério quer saber sobre o Animagii antes de concluir com sucesso a transformação.

"Your father and Sirius here were the cleverest students in the school, and they were lucky too, because the Animagus transformation can go horribly wrong — one reason the Ministry keeps a close watch on those attempting to do it."

Minha ênfase. Isso sugere que você não pode simplesmente se abalar no Ministério e dizer "Eu sou um animago, por favor registre meu animal e marcações". O Ministério quer saber de antemão, da mesma forma que você não pode simplesmente mandar uma carta para sua instituição do governo local dizendo que você pode dirigir. Você precisa se registrar para a permissão de um aluno e depois fazer os testes.

Há informações adicionais sobre Pottermore , que afirma

As you might imagine, you can’t just become an Animagus overnight. The learning process involves holding the leaf of a Mandrake in your mouth for an entire month, for example.

Então, novamente, o Ministério esperaria um certo tempo para passar depois de registrar sua intenção de tentar. Tudo isso significa que Rita estaria em apuros se tentasse fingir que estava aprendendo, e Hermione a superou. Especificamente, ser capaz de prever sua forma de animagos e marcações daria a Rita sérios problemas em fingir estar aprendendo atualmente.

As coisas que ela fez como um animago foram debativelmente legais ...

"I found out how she was listening in on private conversations when she wasn't supposed to be coming onto the grounds," said Hermione in a rush.
_{^{- Harry Potter and the Goblet of Fire, Chapter 37 (The Beginning)}}

Além disso, duvido que, se você for um animago, tenha permissão para rastejar e espiar / ouvir conversas privadas.

"There was a beetle on the statue the night we heard Hagrid telling Madame Maxime about his mum!" "Exactly," said Hermione. "And Viktor pulled a beetle out of my hair after we'd had our conversation by the lake. And unless I'm very much mistaken, Rita was perched on the windowsill of the Divinaion class the day your scar hurt. She's been buzzing around for stories all year."
_{^{- Harry Potter and the Goblet of Fire, Chapter 37 (The Beginning)}}

Assim, suas histórias perderiam sua exclusividade se ela se registrasse. Sua reputação estaria perdida e ela poderia perder seu lugar como repórter do Profeta Diário, porque seria então vista publicamente como uma espreitadela.

The sensationalist Daily Prophet reporter whom Dumbledore had banned from Hogwarts grounds managed somehow to wheedle her way back in by changing into her illegal Animagus form: that of a nasty little beetle. Appropriate enough for a journalist who scuttled merrily over the misfortune of others and fed on trash, you might say.
_{^{- Unregistered Animagi - Pottermore}}

Eu também não acho que ela descobriu que Hermione não poderia provar isso, acho que Rita achou que a palavra de Hermione seria suficiente para condená-la.

The punishment for being an unregistered Animagus was time in Azkaban so, when clever-clogs Hermione discovered Rita’s secret, the threat of exposure was enough leverage to make her stop writing those poisonous articles.
_{^{- Unregistered Animagi - Pottermore}}

Por fim, a história de Hermione faz sentido, e há pessoas que a apoiariam, já que @Holger mencionou que ela provavelmente usou sua habilidade como animago para ter boas histórias antes, e as pessoas se perguntam como ela conseguiu essas histórias e se Hermione revelou ao público que Rita era um animago que o público pensaria que sua história fazia sentido e apoiava seu caso, eventualmente levando à condenação de Rita.

Já foi estabelecido [por Hermione] que Skeeter usa sua capacidade Animagus para espionar as pessoas para coletar 'notícias' suculentas. Registrar agora significaria que o fato de ela ser um animago e a forma que assume, se tornariam de conhecimento público . As pessoas que ela iria espionar de antemão seriam avisadas, e procurariam por ela dessa forma antes de possivelmente divulgar segredos. No mínimo, sua eficácia como repórter seria comprometida; na pior das hipóteses, ela correria o risco de ter alguém deliberadamente esmagando-a como um inseto !

Além de outras perguntas específicas, Rita dificilmente poderia mentir sobre seu status como animago, ou quando ela se tornou uma. Isso cobre tanto esconder a conquista original quanto inventar uma nova história para se adequar à sua revelação "higienizada".

Não se esqueça, os magos têm acesso a ferramentas com as quais os trouxas só podem sonhar. Somente o Veritaserum destrói qualquer chance plausível que Rita possa ter de encobrir a verdade. Legilimência também existe e parece ser uma opção viável, e em um verdadeiro inquérito suas memórias podem ser extraídas e exibidas com uma Penseira, obviamente aniquilando seu engano.

E é plausível o suficiente que ela encontre uma investigação formal (Hermione tem atração suficiente com pessoas influentes em Hogwarts para cutucar o governo, demonstrando frouxamente sua capacidade de ter um revezador de tempo). Certamente Hermione não deixaria sua influência desaparecer sem conseqüências para Rita, estritamente legal ou não.

Mesmo se Hermione fosse incapaz de organizar uma investigação formal, meios mágicos de se chegar à verdade provavelmente ainda poderiam ser empregados para desvendar a verdade através de canais menos oficiais. A comunidade bruxa britânica é muito pequena, e a rejeição social / profissional de Rita pode ser tão danosa quanto um julgamento legal contra ela.

Finalmente, o fato de ela ser secretamente uma animaga não era quebrar a lei arbitrariamente, mas sim obter informações sem que outras pessoas percebessem que alguém estava observando-as diretamente. O segredo a ser revelado, a qualquer momento e por qualquer motivo, prejudicaria seriamente sua capacidade de trabalhar da maneira que observamos nos livros. Quando você não suspeita que alguém possa estar tão disfarçado, você não saberá procurar por um besouro com marcas estranhas em sua cabeça. As pessoas de repente pararam de falar quando viram um besouro se o segredo de Rita fosse exposto.