Pelo pouco que sabemos, parece que os motores principais são respiradores de ar e o ar é absorvido como um motor a jato.
Não vemos nenhum combustível sendo usado (nem parece haver lugar para isso ser armazenado), então, presumivelmente, é um mecanismo avançado [inserir tech-babble].
O princípio básico é ainda que requer ar para ser levado e soprado para fora para impulso. Daí as entradas de ar na "frente" dos motores.
Deveria haver maiores entradas de ar em uma versão anterior do Bubblecraft *
* Fonte
Quanto aos motores "secundários" para voos espaciais, mais uma vez não sabemos o mecanismo preciso ou a ciência, mas como a atmosfera / espaço superior tem pouco ou nenhum ar, é necessária uma propulsão secundária.
Presumivelmente, mais uma vez na ausência de outras informações, os motores "secundários" são menos potentes na atmosfera mas suficientes para a atmosfera superior / manobras orbitais.