Chuck e Amara desaparecendo não eram a mesma coisa que Chuck se mostrando a Metatron. Quando eles desapareceram, eles estavam apenas se "teletransportando" para longe como um raio de luz e escuridão, mas essas não eram suas verdadeiras formas.
Quando Chuck "se mostrou" a Metatron antes, Chuck provou que Ele era realmente Deus ao revelar Sua verdadeira forma, já que Metatron teria se lembrado dEle no Paraíso. Metatron precisava usar óculos para isso, porque de acordo com o conhecimento bíblico, (segunda passagem citada) ninguém pode olhar no rosto de Deus e viver (nem mesmo anjos). Embora também seja válido lembrar que, a essa altura do espetáculo, Metatron não é mais um anjo, tendo perdido sua graça.
O fato de ele poder olhar para Deus, mesmo com óculos de sol, pode ser considerado uma distinção in-universe entre o que o RL Biblical Lore diz e o que o "verdadeiro acordo" é no universo. A visão de Sobrenatural do conhecimento bíblico é muito boa, IMHO, mas definitivamente não é 100% precisa, e eu espero que seja de propósito, para manter as coisas interessantes.