Borg assimila crianças porque elas vêem a assimilação como uma coisa boa.
Quando o coletivo encontra um alvo que eles consideram digno de ser assimilado (que pode ser qualquer coisa de um único indivíduo para um planeta inteiro), eles se anunciam de maneira bastante polida e com tão pouca dificuldade quanto o progresso prático o breve nascimento em seu estado final como drones. Parte de minimizar essa dificuldade é impedir que alguém seja deixado para trás, especialmente crianças.
Considere a reação natural que os seres humanos têm a quaisquer ameaças às crianças, mesmo aquelas com as quais não estamos diretamente relacionados. Somos geneticamente programados para cuidar de nossos jovens, até o ponto em que esse impulso biológico possa ser transferido para outras espécies. Se você fosse ter um pai humano e transformá-lo em um Borg, é uma certeza virtual que o novo Borg, antes humano, manteria esse programa genético e desejaria cuidar dos filhos de sua raça biológica.