Eu não acho que haja alguma razão para você não começar sua visita em Veneza e vir a Milão mais tarde. Suponho que a sua explicação sobre os voos seja sólida e razoável, embora haja muitos voos para Venezia Tessera e para o aeroporto de Verona.
Normalmente, Milano não é considerado válido por mais de um dia, embora haja monumentos e museus aqui também. Se você pode poupar 10-15 dias para visitar o norte da Itália, então você deve ser capaz de ter pelo menos um par de dias em Milão (um pouco no lado caro, tanto quanto hotéis estão em causa ...), pelo menos, 4 em Verona, se você planeja visitar o Lago de Garda, e depois o resto para Veneza, mas você não deve perder Padua e a Riviera de Brenta com as várias villas Palladio, Treviso e talvez Asolo ou Bassano del Grappa.
"Acqua alta" pode ser um problema, mas não é tão frequente no início de novembro, e muitas vezes o tempo ainda é agradável. Aproveite a sua visita, seja qual for a direção que você vai viajar.