Não, a prestidigitação apenas altera a temperatura ou o sabor.
A prestidigitação é clara em seus limites (PHB, 267)
You chill, warm, or flavor up to 1 cubic foot of nonliving material for 1 hour.
Isso não está alterando as propriedades da água do mar, é apenas aromatizá-la para que você não possa provar o sal que está lá.
Objeto Sujado
Se você está tentando "limpar" a água salgada para torná-la potável, esta é a seção que você está tentando usar:
You instantaneously clean or soil an object no larger than 1 cubic foot.
Se a água for considerada um objeto, que alguns não , então Você pode tentar aplicar o aspecto acima de Prestidigitação.
Mas você ainda deve encontrar um obstáculo aqui em que você não pode 'limpar' a água do seu sal. Enquanto o sal pode estragar seu uso para beber água potável, isso não significa que a água está suja, mesmo se você contar a água como um objeto (
Envenenamento por Sódio
Se você quiser purificar a água para remover o sal e torná-la potável, use Purify Food and Water (PHB, 270), que afirma (ênfase minha):
All nonmagical food and drink within a 5-foot-radius sphere centered on a point of your choice within range is purified and rendered free of poison and disease.