James estava literalmente entre Voldemort e sua vítima pretendida
Poderia parecer o óbvio, mas James estava bloqueando fisicamente o caminho de Voldemort. Ao matá-lo, ele o tirou do caminho.
James é uma importante figura rebelde
É importante lembrar que James não é apenas o pai do inimigo profetizado de Voldemort, ele também é uma importante figura anti-Voldemort, em conluio com os outros de seu círculo de amigos para criar a Ordem da Fênix. Mesmo que Harry não estivesse lá por algum motivo, é provável que Voldemort ainda tivesse escolhido atacar James.A Maldição da Morte é a sua jogada de assinatura
Voldemort geralmente mata quando pode atordoar seus oponentes. Ele parece muito confortável com a maldição de Avada Kedavra e é essencialmente seu feitiço de assinatura. Em última análise, esta é a sua queda, porque ao invés de simplesmente atacar o bebê Harry fisicamente, ele escolhe usar seu feitiço favorito (que então sai pela culatra hilária).
Ele ficou irritado com a audácia de James
Lily, take Harry and go! It’s him! Go! Run! I’ll hold him off –’
Hold him off, without a wand in his hand! … He laughed before casting the curse …
Você não deixa um inimigo para trás
Como @ChrisHayes apontou em seu comentário, a maioria dos feitiços parece ser reversível. Já que Voldemort tem a intenção de matar seu filho, não faz sentido deixar James Potter para trás dele
Isso vale em dobro por deixá-lo vivo em geral. É muito provável que James voltasse para buscar vingança pessoal em Voldemort, mesmo ao custo de sua própria vida.
Como um favor ao Snape.
Snape, presumivelmente, contou a Voldemort que ele não gostava de James Potter. É certamente possível que Voldemort tenha matado James como um favor a Snape.