Se todos os Stormtroopers foram ou não clonados por 0ABY, o Império usou e usa não-clones para aumentar o número de Stormtrooper.
Além disso, muitos Stormtroopers não são clones de Kamino, mas os clones de Spaarti, que crescem mais rapidamente. O processo Spaarti não é tão eficaz e a qualidade não é tão boa. Há muito mais variação nos clones de Spaarti do que nos clones de Kamino. Os soldados assim criados ainda são soldados excepcionais, mas não são os soldados clones bem treinados e flexíveis.
Alguma desta variância é física - há Stormtroopers de diferentes alturas (como pode ser visto claramente na Estrela da Morte em Uma Nova Esperança). Essas diferenças de altura, quer sejam explicadas pela clonagem menos pura ou pelo recrutamento não clone, são visíveis e estão presentes em todos os filmes. É inteiramente provável que o Império tenha um requisito mínimo de altura para seus Stormtroopers recrutados. Se assim for, é possível que Luke seja menor que isso. Dito isto, a altura física não é a verdadeira causa das declarações de Leia.
Leia, como senadora, vê muito os Stormtroopers. Como líder rebelde, ela provavelmente está bastante interessada em suas ações, limitações e treinamento. Então, quando Luke entrar, seria óbvio para ela que ele não é um Stormtrooper. Sua armadura é um ajuste próximo, mas não perfeito. Sua postura está toda errada (Stormtroopers está alto, ele palpita), e ele usa sua armadura e carrega seu rifle blaster como alguém que não está acostumado a isso. Enquanto andava apressado pelos corredores, seguindo o exemplo de Solo (um starplane bem-viajado que um camponês atrasado teria admirado) e com a intenção de se provar, Luke manteve o constrangimento ao mínimo. O segundo ele entrou na cela e viu o objeto de sua busca (em uma forma atraente de 18 anos) bem na frente dele? Todo aquele constrangimento e timidez do farmboy veio para o primeiro plano.
Leia teria sabido imediatamente que havia algo diferente sobre este Stormtrooper. Ela ainda estava tentando resistir ao interrogatório e a despeito de Vader e Tarkin, e pode ter suspeitado que isso era um estratagema deles. Sua resposta inicial foi baseada nessa suposição: um comentário zombeteiro sobre a estatura física do intruso. Contra alguém enviado para interrogá-la, teria falhado. Contra um garoto de fazenda que tinha caído em algo muito maior do que ele e que já era autoconsciente? Isso tinha exatamente o efeito que ela estava procurando. Luke ficou na defensiva, tentando justificar-se.
TL; DR : Luke provavelmente não está abaixo da altura mínima aceitável do Stormtrooper (a armadura se encaixa, afinal), mas mostrou muitos sinais físicos que indicavam a Leia que ela poderia obter uma vantagem sobre um potencial adversário fazendo um comentário irônico. "Você é curto" é o que ela escolheu.