Eu fiz isso intencionalmente quando os únicos parafusos que eu tinha eram muito longos para o propósito. As extremidades pontiagudas podem ser perigosas em contato inadvertido!
Sua escolha específica de método dependerá das ferramentas disponíveis para você. Uma fina folha de aço sacrificial, mesmo algo tão simples quanto uma sopa pode cobrir, com um buraco nela, colocada sobre o parafuso irá proteger a superfície abaixo. Cole-o no gabinete ou prenda-o de maneira semelhante.
Eu tenho uma rebarbadora lateral de ângulo reto, uma ferramenta elétrica bastante agressiva. Faz um trabalho curto do parafuso, que também fica quente. Se alguém for menos agressivo, o calor gerado se dissipará sem queimar a madeira circundante.
Eu também tenho uma ferramenta rotativa da marca Dremel. Pode-se obter tambores de lixamento (lentos, menos agressivos) ou tambores de moagem (ligeiramente mais rápidos) ou discos de corte (muito mais rápido) para remover o parafuso. No seu caso, o disco de corte seria usado para cortar o parafuso o mais próximo possível da placa, e depois virar o rosto para achatar ainda mais o remanescente.
Na última opção a ser listada, pode-se usar um arquivo de trabalho de metal comum. A abundância de graxa de cotovelo é necessária, muita paciência. Pouco calor é gerado, embora você possa não chegar tão perto da superfície como gostaria.
Cada um dos métodos acima deixará um pouco de stub no lugar. Quando eu uso o moedor de ângulo reto, eu vou cortar um pouco na madeira ao redor, o que pode ser considerado sem graça, é claro.
Variações dos métodos acima podem ser consideradas.