O ideal é que você tenha recipientes hermeticamente fechados, mas, se isso não for possível, o envoltório de plástico é realmente muito melhor do que apenas cobrir com um prato.
Como você diz, você tende a ter mais cheiros misturados na geladeira se as coisas não forem herméticas, e é algo que pode se acumular com o tempo, com o interior da geladeira tomando uma mistura de todos os cheiros. (Frigoríficos podem eventualmente cheirar estranho, mesmo se você não estiver fazendo isso.)
Também não é geralmente tão bom para a comida; vai secar mais rápido. Pode não ser um problema para tudo, mas às vezes pode ser bastante óbvio. Ele também pode se contaminar um pouco mais facilmente e estragar mais rápido, mas isso é um pouco aleatório, difícil dizer algo específico sobre períodos de tempo.