Assim como a madeira, você deve aplicar um primer primeiro.
Então subpêlo e finalmente o top coat (ou dois).
O primer fará com que a outra tinta pare de entrar diretamente no MDF e o sub-acabamento dará "corpo" ao acabamento.
Mesmo que você consiga uma pintura de "um casaco", eu geralmente acho que ela precisa de dois (ou ocasionalmente três) demãos para obter um acabamento bom e uniforme.