Alongar e dobrar geralmente funciona melhor com menos esforço porque é feito periodicamente (como na receita vinculada à pergunta, em que você faz um alongamento e dobra a cada 45 minutos em algumas horas).
As moléculas que compõem os filamentos de glúten levam um certo período de tempo para se alinharem. Esperando o glúten formar boas redes de fios, você pode esticá-los em sua maior extensão, o que aumentará a força da massa. Ao esperar por um período de tempo novamente, você permite que mais ligações se formem, as quais você estica e estende para aumentar a força.
Compare isso com o tradicional amassar, onde você mistura a massa e, em seguida, libra, estica e dobra por 5-15 minutos imediatamente. O glúten mal foi hidratado e está apenas começando a formar redes. É por isso que muitas receitas recomendam uma estratégia de autolise, em que você espera pelo menos 15 minutos após misturar o líquido antes de amassar. Ao fazer isso, você permite que o glúten se hidrate mais completamente, e você geralmente reduz seu tempo de amassamento ao meio (ou até menos).
Alongamentos periódicos agem como versões repetidas dessa estratégia de autolise. Na maioria das receitas de pão, você geralmente pode evitar amassar completamente - basta misturar até que todos os ingredientes estejam distribuídos uniformemente e não haja farinha seca. Então, faça apenas 2-4 alongamentos e dobras espalhados durante o primeiro aumento. O número requerido dependerá do tipo de massa.
Alongamento e dobras, na verdade, são uma ótima maneira de monitorar sua massa durante o primeiro aumento também. Você pode verificar periodicamente a textura e certificar-se de que ela esteja realmente desenvolvendo elasticidade suficiente - se não, adicione outro alongamento e dobra em algum momento. Se a massa estiver ficando muito strong (às vezes, se a rede de glúten ficar muito apertada, ela pode realmente reter a prova final e a mola do forno), faça menos.
A estratégia "alongar e depois esperar" também é semelhante ao "descanso de banco", muitas vezes feito antes da modelagem final. Mais uma vez, muitas receitas recomendam fazer alguns alongamentos e manobras pré-formadas após a primeira subida, depois deixar a sua massa descansar por 10 a 20 minutos antes de fazer a modelagem final. Essencialmente, você está fazendo um alongamento e desdobramento do glúten, depois deixando-o "relaxar" e depois esticando-o novamente, uma vez que ainda mais conexões se formaram. Se você não está fazendo isso antes da modelagem final, provavelmente não está tendo o maior aumento possível. Fazê-lo periodicamente ao longo do primeiro aumento irá adicionar uma enorme quantidade de força extra para a massa - geralmente muito mais do que você ganharia mesmo com um knead inicial extenso.
Uma outra nota técnica: o amassamento inicial (e particularmente a mistura mecânica) introduz oxigênio na massa, o que contribuirá realmente para a destruição de alguns componentes do sabor no pão final. É um efeito relativamente pequeno, mas substituir as manobras de alongamento e dobra, em vez de uma longa amassadeira, introduzirá inicialmente menos oxigênio na massa, o que pode melhorar ligeiramente o sabor do pão final.
Como outras respostas já mencionaram, com massas de alta hidratação realmente pegajosas, o alongamento e a dobra muitas vezes são a única maneira de "amassar" a massa. Mas não há realmente nenhuma razão para não fazer alongamentos e dobras com a maioria das massas de pão durante a primeira subida. Costumo fazer isso em vez de amassar muito no início (o que, francamente, não é muito eficiente), especialmente com massas pesadas e duras, como pães integrais ou multigrain.