Você não será compensado. Mesmo se eles cometeram um erro claro, o padrão de compensação é muito maior e a lei de imigração francesa é geralmente dolorosa de lidar.
Mas nem é claro para mim que o consulado francês desconsiderou as regras ou o manual. Você disse que eles "recusaram" e você apelou. Se estou lendo isso corretamente, eles consideraram sua solicitação e emitiram uma decisão negativa. Se isso é garantido, depende de detalhes que você não revelou, mas é extremamente improvável que ele abra qualquer direito à compensação.
Por outro lado, se o consulado não tiver considerado o seu pedido, ele não terá concedido nem recusado o visto e simplesmente reembolsado a taxa de inscrição e convidado você a se candidatar à Holanda. Ao considerá-lo e depois decidir que eles não estavam satisfeitos com sua inscrição, eles “lidaram com isso” e satisfizeram totalmente as obrigações que você mencionou na sua pergunta.
Aliás, seus comentários também sugerem que você está um pouco confuso em relação às regras que envolvem vistos de múltiplas entradas e onde você deve se inscrever. A regra do "destino principal" aplica-se apenas a uma única viagem. Os vistos de entrada múltipla se enquadram em um conjunto separado de regras; você deve se inscrever em um país para o qual precisa viajar regularmente (por exemplo, por motivos profissionais ou familiares - não por coincidência, o exemplo do manual é sobre viagens em família, não visitas turísticas repetidas).
Os consulados costumam publicá-los mais amplamente por motivos de conveniência, especialmente para residentes no Reino Unido, mas você não está livre para encadear o que são viagens não relacionadas, contabiliza os dias e declara que um país é seu principal destino. Sob uma leitura estrita das regras, um consulado tem o direito de exigir que você solicite um visto de entrada única para a primeira viagem, volte e então solicite outro visto de entrada única para a próxima, etc.
Por mais angustiante que seja, você simplesmente não conseguirá tirar nada do estado francês por tudo isso.