Existem duas razões.
Trauma pós-regenerativo
O médico é consistentemente bastante nebuloso após uma regeneração; essa confusão é tipicamente atribuída a algo chamado "trauma pós-regenerativo", e sua memória é frequentemente afetada.
Por exemplo, o Oitavo Doutor esqueceu toda a sua identidade, incluindo sua espécie:
Doctor: I don't know who I am, but I know you know me.
Grace Please go away.
Doctor: Please, you're my only hope.
Grace I'll call security!
Doctor: Do you know who I am?
Doctor Who (1996)
É também por isso que ele é maníaco em Deep Breath , muito longe do caráter mais reservado de episódios posteriores. Basicamente, ele ainda não terminou de se instalar.
Foi há muito tempo
O médico não tem uma memória perfeita; ele esquece velhas aventuras, assim como você ou eu esquecemos as coisas que aconteceram há muito tempo. O Décimo Primeiro Doctor expressa uma confusão semelhante em relação à Grande Inteligência, reconhecendo vagamente o nome, mas não lembrando de seu anterior confrontações :
Doctor: The Great Intelligence. Rings a bell. The Great Intelligence.
Doctor Who 2012 Christmas Special "The Snowmen"
Do ponto de vista do médico, tem sido um longo tempo desde a SS Madame de Pompadour; não é irracional que a memória do evento tenha desaparecido.