Não acredito que seja possível vincular "oficialmente" dois tickets separados (PNRs). Você pode solicitar que anote um ou ambos os registros com um comentário sobre o outro, caso em que qualquer pessoa que processe seus tickets pode (ou não) ver a nota e agir de acordo, mas qualquer automação não verá ou entenderá isso.
Para sentarmos juntos, sua melhor aposta seria fazer o check-in online simultaneamente e tentar conseguir assentos adjacentes. Isto pode ser difícil na partida de volta, já que eu ficaria surpreso se Jet permitisse que você selecionasse assentos na Lufthansa - eles nem estão na mesma aliança.