Você terá que passar pela alfândega e pela imigração ao ir de BKI (Kota Kinabalu) a Kuala Lumpur (provavelmente KUL, mas pode ser SZB).
Eu não tenho certeza se você terá que fazer o check-in novamente ou se você pode obter o seu cartão de embarque KK para KL onde você se originou; isso pode depender parcialmente de quem você está voando e dos acordos que eles têm com outras companhias aéreas.
O BKI é um aeroporto internacional e, de BKI para KUL, é um voo 'doméstico' (mais tarde em 'doméstico'). O mesmo que se você tivesse viajado de fora da Coréia, desembarcado no ICN e conectado ao PUS. Ambos os aeroportos internacionais, mas você vai passar pela alfândega e imigração no ICN para embarcar em um voo doméstico para outro lugar na Coréia.
Mais complicando a questão é que Sabah e Sarawak (os estados da Malásia em Bornéu; Kota Kinabalu está no estado de Sabah) têm políticas de imigração separadas da península da Malásia: Se você vai de KL para KK você pode ter que passar por Sabahan imigração dependendo da nacionalidade.