Isso é um monte de perguntas, e por sorte a página do PFSRD sobre Objetos Animados pode responde-lhes. Você assumiu que todos os objetos animados devem ter ataques slam, e isso nem sempre é verdade. Vou abordar sua pergunta peça por peça.
nor is this a valid dice amount for a slam, so is this an aspect of this specific creature
A foice do chefe é uma foice, e a foice de tamanho médio padrão causa dano de corte de 2d4 com um multiplicador x4 crítico. Não tem um ataque slam. Em geral, uma arma animada lida com o dano equivalente do seu tipo de arma.
does this include ranged weapons?
Sim, qualquer arma pode ser animada, incluindo armas montadas e armas de cerco. Não sei qual ação é necessária para recarregar, mas imagino que seja preciso o mesmo tempo para que outra pessoa a recarregue (por exemplo, uma besta animada).
What happens if the upgrade to damage is taken?
Se você estiver se referindo à habilidade especial "Ataque Aprimorado", use os dados de dano como se fosse uma categoria de tamanho maior. De acordo com os valores especificados na mágica Lead Blades , se você atualizou a Scythe dessa maneira , então você substituiria os dados 2d4 por dados de 2d6. Do ponto de vista da otimização, você pode escolher uma arma com dados de dano melhores, como uma espada grande.
Can it be used on the weapon attack, or only the Slam attack?
Você escolhe qual ataque melhorar. Um objeto animado pode ter mais de um ataque, e você pode gastar vários pontos de construção para fazer essa atualização novamente, para um ataque diferente.