Como e por que os Vingadores já estão reunidos no começo da Era de Ultron?

Isso é explicado nos Agentes da Marvel de S.H.I.E.L.D. Temporada 2 Episódio 19, "The Dirty Half-Dozen". Phil Coulson (Quem os Vingadores pensam que está morto) é agora o diretor de S.H.I.E.L.D. e estão tentando lutar contra Hydra desde a clandestinidade, já que S.H.I.E.L.D oficialmente não existe mais após os eventos de The Winter Soldier.

Coulson e sua equipe atacam uma base Hydra e descobrem que o cetro está localizado na base de Strucker. Ele então passa a chamar Maria Hill e diz a ela para "chamar os Vingadores", configurando os eventos de Age of Ultron.

Depois que o mundo descobriu que a Hydra estava ativa e a SHIELD foi dissolvida em Capitão América: O Soldado Invernal , os Vingadores se reorganizaram para encontrar e fechar quaisquer células Hydra que ainda estivessem operando. / p>

Thor especificamente se juntou a eles para encontrar o Cetro de Loki, que caiu nas mãos da Hidra em algum ponto entre Os Vingadores Montados e o fim de Capitão América: O Soldado Invernal . Graças ao fato de que Hydra havia se infiltrado completamente na SHIELD naquele momento, não teria sido difícil para o Barão von Strucker colocar as mãos no Scepter mesmo se a SHIELD o encontrasse primeiro.

Do próprio filme (linhas importantes em negrito para maior clareza);

Tony Stark: It feels good, yeah? I mean, you’ve been after this thing since SHIELD collapsed. Not that I haven’t enjoyed our little raiding parties, but…
Thor: No, but this… this brings it to a close.
Steve Rogers: As soon as we find out what else this has been used for. I don’t just mean weapons. Since when is Strucker capable of human enhancement?
Tony Stark: Banner and I’ll give it the once before it goes back to Asgard. Is that cool with you?
[Thor nods his head]
Tony Stark: I mean, just a few days until the farewell party. You’re staying right?
Thor: Yes, yes, of course. A victory should be honored with revels.
Tony Stark: Yeah. Who doesn’t love revels. Captain?
Steve Rogers: Hopefully this puts an end to the Chitauri and Hydra, so. Yes, revels.

A partir desse diálogo podemos ver que esta missão (recuperar o cetro) terminou o que Os Vingadores reformaram para fazer, que foi encontrar o cetro (algo que Thor tem procurado desde que a SHIELD caiu) e desligar as células de Hydra (algo que Tony se refere) como "atacantes").

Foi mencionado no filme que Tony Stark está financiando a equipe e se estabeleceu na Stark Tower, agora a sede dos Vingadores. No final de Iron-man 3, foi mostrado que Banner e Tony ainda estavam em contato um com o outro. Nós vemos Tony em um sofá, supostamente dizendo seus problemas para o Dr. Bruce Banner que estava cochilando.

Thor foi mostrado para retornar à Terra no final de Thor: The Dark World. Ele voltou no final e beijou o personagem de Natalie Portman.

Também é mencionado que a cena inicial não foi sua primeira missão juntos. A equipe já participou de inúmeras missões contra a Hydra.

As explained in the official Avengers: Age of Ultron prelude comic “This Scepter’d Isle”, Hydra agents inside of S.H.I.E.L.D. stole the Scepter and brought it to Baron von Strucker’s Sokovia base where he used it to experiment on people in an attempt to create enhanced soldiers. Again, this is a storyline tying into season 2 of Agents of S.H.I.E.L.D. and the Scepter somehow unlocks abilities in Quicksilver and Scarlet Witch, but no one else Hydra experiemented on.