Atualmente não há resposta canônica para isso e é improvável que os filmes forneçam um. A principal razão para isso é que o universo AvP não faz parte da franquia Ridley Scott Alien como definido por ele.
Alien vs Predator começou como uma franquia de quadrinhos e foi uma de uma série de temas cômicos que corriam na época com crossovers com vários títulos. Há também Alien vs Batman, Superman e Predator vs Batman e Superman comics.
Mais tarde, as histórias AvP tornaram-se romances e, a partir daí, os filmes AvP foram criados.
O canon através disto para a criação da criatura alienígena em nada combinou com o que Scott escreveu agora. Aliens estavam no universo, mas ninguém sabia de onde eles vieram. Predadores os caçavam, vendo-os como a presa final.Agora, enquanto não há canon aqui, é possível considerar duas idéias, nenhuma das quais tem nada para apoiá-las.
1) Predadores se depararam com os alienígenas mais tarde, isso torna o aspecto histórico de AvP obsoleto e significa que esses filmes são agora não-canônicos.
2) O Alien criado por David não é tão único quanto ele pensa e a sopa genética criada pelos Engineers irá inevitavelmente criar essa criatura. Isso significa que Xenomorphs existem através do universo, mas os humanos ainda não sabem e David não é tão inteligente quanto ele pensa que é.
3) Tratamos o enredo AvP enquanto fazemos o antigo universo expandido para Star Wars ; uma linha do tempo alternativa em que Prometheus e Covenant nunca aconteceram.
Eu voto em # 3.