Ninguém pedirá seu visto em Heathrow, a menos que você tenha reservado seus voos em passagens separadas e, portanto, precise fazer o check-in em Heathrow.
Se você tiver que fazer o check-in em Heathrow, deverá mostrar seu passaporte sul-africano para a companhia aérea quando fizer o check-in, porque o seu passaporte sul-africano lhe dá o direito viajar para o Quênia sem visto.
Quando você chegar em Heathrow, antes de fazer o check-in para o seu segundo voo, você terá que liberar a imigração do Reino Unido. Aqui, você mostrará seu passaporte holandês, porque você não tem visto no seu passaporte sul-africano. É provavelmente por isso que você foi avisado para não mostrar seu passaporte sul-africano. (Outras razões para mostrar o passaporte holandês incluem o processo de imigração muito mais fácil e mais curto para os cidadãos da UE.)
Se você estiver em dúvida em algum momento do processo, não há problema em mostrar ambos seus passaportes para a mesma pessoa.