A Expedia e o Google funcionam de forma diferente, mas isso tem pouco a ver com informações "secretas".
Em primeiro lugar, a principal diferença é que a Expedia é um agente de viagens on-line, enquanto o Google Flights é um mecanismo de pesquisa de voos.
O que isso significa é que a Expedia (ou booking.com, ou outros agentes on-line) realmente lhe venderão o bilhete: você paga à Expedia, recebe o bilhete deles, eles negociam com a companhia aérea em segundo plano.
Os voos do Google (ou Kayak ou Skyscanner) são mecanismos de pesquisa. Eles coletarão o máximo de informações possível e mostrarão o preço mais barato, mas não venderão ingressos. Para reservar, você precisa ir à companhia aérea, a um agente de viagens "normal" ou a um agente on-line, como a Expedia. Eles geralmente recebem dinheiro da companhia aérea ou do agente para enviar o cliente, mas não fazem parte da transação.
Isso significa que a Expedia só mostrará os preços dos ingressos que eles realmente vendem (eles não informam se as coisas estão mais baratas no booking.com).
O Google sabe a maioria dos preços, e eles têm uma ideia se o ticket ainda está disponível, mas eles não podem garantir o preço. Se você tentar fazer reservas em um portal de pesquisa de tarifas, às vezes verá que a tarifa mais barata não está disponível.
Alguns sites de reserva, como a Expedia, têm ofertas especiais com as companhias aéreas e podem oferecer ingressos mais baratos do que o preço "padrão". Os mecanismos de pesquisa sabem sobre eles, mas não sobre todos eles. Estas tarifas especiais só podem ser reservadas através do site que tem o acordo, obviamente.
Mas lembre-se: se você comprar um ingresso por meio de um agente de viagens on-line, qualquer modificação deverá ser feita por meio desse agente e não diretamente com a companhia aérea. Se eles vendem o ingresso extremamente barato, eles muitas vezes tentam ganhar dinheiro em outro lugar e podem fazer coisas como o serviço pago ao cliente ou "taxas de serviço" por qualquer modificação do ingresso.
Por fim, os voos do Google também mostram as tarifas que não estão disponíveis on-line - muitos outros sites de pesquisa não o fazem, porque não ganham dinheiro com essas transações.
Foi o que aconteceu quando tentei sua pesquisa: o Google me instruiu a ligar para a companhia aérea e reservar o bilhete pelo telefone. Ainda é possível que a tarifa não esteja disponível quando eu fizer isso ou que a companhia aérea calcule os impostos e as sobretaxas de maneira diferente do que o Google imaginava.
Por fim, se você usa a Expedia ou esses sites, vale sempre a pena tentar pesquisar "Hotel + Voo". Em alguns casos, essa combinação pode ser mais barata do que o vôo sozinho.